Türkiye genelinde 1678 takımın katıldığı U13 yerel liglerinde mücadele eden takımlar arasında illerinde başarılı olan 68 ilden 117 takımın katılımıyla 11 Haziran 2016 tarihinde başlatılan şampiyonanın birinci ve ikinci kademe müsabakaları sonunda Altınordu, Antalyaspor A.Ş, Fenerbahçe A.Ş ve Trabzonspor A.Ş takımları final oynamaya hak kazandı.
Final müsabakaları Konya'da 30 Haziran - 1 Temmuz 2016 tarihlerinde oynandı. İlk gün oynanan yarı final müsabakalarının galipleri olan Fenerbahçe ve Trabzonspor takımlarının oynadıkları final maçını 2-1 kazanan Trabzonspor, U13 Türkiye Şampiyonu oldu. Fenerbahçe Türkiye ikincisi olurken, Antalyaspor'u 3-2 yenen Altınordu Türkiye üçüncüsü oldu.
Türkiye Şampiyonasında dereceye giren takımlara kupa ve madalyalarını TFF Genel Sekreter Yardımcısı Adnan Ersan, TASKK Başkan Yardımcısı Remzi Ay ve Konya ASKF Başkan Yardımcısı Mehmet Günbaş törenle verdi.